En février 1909, Van Cauter (son patron, belge) ordonna brutalement à Isidore Bakanja, qui le servait à table, d’enlever son scapulaire, mais le jeune homme répondit qu’il ne le ferait pas. C’est alors que Van Cauter, pris de colère, arracha le scapulaire que portait Isidore Bakanja, le jeta à son chien, puis alla chercher lui-même le chicot de peau d’éléphant percé de deux clous. Isidore Bakanja a été battu saignant, et au moins deux cents coups. Après cette torture, Isidore Bakanja, inconscient, a été conduit en prison, les pieds liés dans deux anneaux métalliques fermés par un cadenas et reliés à un poids énorme. Il restera 4 jours dans ce lieu, sans soins, et sans nourriture. Bakanja n’a pas pu se remettre de ses blessures.
Fin juillet 1909, il exprime le pardon qu’il a généreusement accordé à son meurtrier et assure qu’il priera beaucoup pour lui au Paradis imaginaire, créé par des Blancs/Occidentaux pour des Noirs/Africains. Le 15 août 1909, physiquement épuisé par 6 mois de souffrances intolérables, Isidore Bakanja meurt paisiblement.
