En effet, les spécialistes estiment que, dans les années 1960, seules 300 personnes pouvaient encore se définir comme complètement Ainue. Elles seraient actuellement moins d’une centaine. « La question de l’origine de ces personnes (peuples) reste très débattue. Ils sont les descendants d’une civilisation de chasseurs-pêcheurs venus probablement des régions sibériennes. Parmi diverses hypothèses, la plus probable insiste sur les traits caucasoïdes des Ainu ».
Ces derniers seraient issus d’une population originaire d’Asie, physiquement plus proche des Européens actuels, apparus avant les populations dites mongoloïdes de type Japonais.
En Amérique, des découvertes archéologiques récentes comme l’Homme de Kennewick (État de Washington, États-Unis, 1996), vieux d’environ 9 000 ans, renforceraient la thèse de l’occupation de ce continent par plusieurs vagues de colonisation. Ainsi, une population asiatique de type caucasien, proche des Ainu, y serait venue avant les ancêtres Mongoloïdes des Amérindiens. De la même manière que la présence des Ainu dans l’actuel archipel japonais a précédé celle des Japonais.