Pour extraire le Dahomey et la Haute-Volta du projet de la Fédération du Mali, la France a usé de pressions politiques et économiques, passant notamment par le financement des infrastructures portuaires de Cotonou. Les pressions intra-africaines entrent en jeu dans le cadre de la rivalité entre Dakar et Abidjan. En avril 1959, Houphouët-Boigny fonde le Conseil de l’Entente (ou l’Union Bénin-Sahel), qui réunit la Côte d’Ivoire et la Haute-Volta, puis le Niger et le Dahomey dans un vaste projet d’infrastructures, services communs et union douanière. Prudente dans le financement de l’association, la Côte d’Ivoire traite les trois autres pays comme des satellites. Le Conseil de l’Entente, qui n’a pas de véritable base historique, géographique, économique ou politique, sert simplement à bloquer tout regroupement panafricain dans la région.
Dans le même temps, la Fédération du Mali se désagrège à son tour. Entre Senghor, plutôt modéré, gradualiste, et pro-français, et son homologue malien, Modibo Keita, plus radical, panafricain, et progressiste, les désaccords se multiplient. Aux différences personnelles s’ajoutent des clivages stratégiques en matière socio-économique et de multiples frictions institutionnelles ou de politique étrangère. La Fédération, qui obtint son indépendance en juin 1960, éclata trois mois plus tard : le Sénégal et le Mali devinrent indépendants séparément en septembre tout en restant membres de la Communauté franco-africaine. Peu après son indépendance, Bamako rejoint Accra et Conakry dans l’Union Ghana-Guinée-Mali. Là encore, cette Union des États africains ne donne lieu à aucune organisation politique commune, et chacun continue de conduire ses affaires de manière indépendante, notamment sur les questions de politique étrangère, de défense et d’économie. L’Union Ghana-Guinée-Mali a finalement éclaté en 1962.
Le RDA, dominé par Houphouët-Boigny, laissait peu de place aux initiatives de l’AEF. Cependant, bien que divisées entre les colonialismes français, belge et portugais, les populations d’Afrique centrale ont d’importantes affinités culturelles qui peuvent les assimiler à de véritables nations. Conscient de ces possibles rapprochements à la veille de l’indépendance, Barthélémy Boganda, président du Grand Conseil de l’AEF, instance sans pouvoir censée représenter les quatre territoires de l’AEF (Oubangui-Chari, Moyen-Kongo, Tchad, Gabon), propose de constituer un ensemble suprarationnel. Convaincu que les frontières coloniales ne pouvaient rester à l’État, il proposa en octobre 1957 un modèle original d’unité africaine, qui protégerait la région des influences communistes et arabes : les États-Unis d’Afrique latine. « La fusion des quatre territoires de l’AEF formerait dans un premier temps un fort (République centrafricaine), capable d’intégrer le Cameroun (sous tutelle franco-britannique), les territoires belges (Kongo, Rwanda, Burundi), et enfin l’Angola (colonie portugaise)».
Ces États-Unis d’Afrique latine fonctionneraient avec un Conseil des ministres (quatre membres par territoire) et une Assemblée législative unique remplaçant les organes de l’administration coloniale. L’attachement de Boganda au christianisme, à la langue française, et une certaine sympathie pour le capitalisme ont fait débat, l’écrivain afro-américain Richard Wright s’étonnant, par exemple, d’un projet qui renierait les catholiques africains et mettrait en pratique les protestants, majoritaires dans les pays anglophones, mais ce projet ne survécut pas à la disparition de son concepteur dans un accident d’avion en mars 1959. « D’autres projets de coordination régionale, qui ont émergé au cours de cette période, méritent d’être mentionnés. C’est notamment le cas en Afrique de l’Est où un groupement interterritorial, regroupant des organisations nationalistes du Kenya, du Nyassaland, du Tanganyika, de l’Ouganda et de Zanzibar, s’est constitué en septembre 1958 sous le nom de Mouvement panafricain de libération de l’Afrique orientale et centrale (PAFMECA) ».
Cherchant à coordonner les efforts nationaux dans le processus d’accession à l’indépendance, le PAFMECA annonce en 1960 sa volonté de créer une Fédération d’Afrique orientale et centrale – sorte de pendant à l’Union Ghana-Guinée – pour éviter des indépendances séparées, mais les résultats seront à nouveau décevants : si le mouvement a réussi pendant quelques années à prendre des positions communes (sur l’apartheid sud-africain, les essais nucléaires français au Sahara, ou la crise congolaise), chacun des pays représentés en son sein a accédé individuellement à l’indépendance. sans donner naissance à la fédération envisagée.
