Après l’exécution de Louis XVI et l’entrée en guerre de l’Espagne contre la France révolutionnaire (mars 1793), Papillon, avec Biassou, Boukmant et Toussaint, passa au service des Espagnols, qui soutenaient déjà discrètement les insurgés, et combattit les Français auxquels, comme Georges Biassou, il ne se rallia pas, à la différence de Toussaint.
Après la cession de la partie espagnole de Saint-Domingue lors du second traité de Bâle (juillet 1795) les Espagnols envoyèrent Jean-François à Cuba et, de là, en Espagne (1796) où il vécut misérablement jusqu’à sa mort (probablement en 1805).
