En 1946, il devint le premier Oubanguien élu à l’Assemblée nationale française, où il défendit une position politique contre le racisme et le régime colonial. Il retourna ensuite à Oubangui-Chari pour y fonder un mouvement populaire d’opposition au colonialisme français. Ce mouvement aboutit à la création du Mouvement pour l’évolution sociale de l’Afrique Noire (MESAN) et gagna en popularité auprès des villageois et de la classe ouvrière.
La réputation de Boganda fut légèrement ternie par sa sécularisation suite à son mariage avec Michelle Jourdain, secrétaire parlementaire. Il continua néanmoins de militer pour l’égalité de traitement et les droits civiques des Noirs/Africains du territoire jusque dans les années 1950. En 1958, alors que la IVe République française envisageait d’accorder l’indépendance à la plupart de ses colonies d’Afrique subsaharienne, Boganda rencontra le Premier ministre Charles de Gaulle pour discuter des conditions de l’indépendance de l’Oubangui.
De Gaulle accepta les conditions de Boganda et, le 1er décembre, Boganda proclama la création de la République centrafricaine. Il devint le premier Premier ministre de ce territoire autonome et ambitionnait de devenir le premier président de la République centrafricaine indépendante. Cependant, il périt dans un mystérieux accident d’avion le 29 mars 1959, alors qu’il se rendait à Bangui. Un peu plus d’un an plus tard, le rêve de Boganda se réalisait lorsque la République centrafricaine accédait à l’indépendance vis-à-vis de la France.
