Dans la nuit du 17 au 18 février 1964, Libreville fut le théâtre d’un coup d’État. Les putschistes arrêtèrent le président Léon Mba, le président de l’Assemblée nationale Louis Bigman et plusieurs ministres occupant des postes clés. Léon Mba, le président déchu, fut contraint de prononcer une allocution radiophonique dans laquelle il annonçait sa démission. Le coup d’État fut un succès. Jean-Hilaire Aubame fut élu président du gouvernement provisoire par les putschistes. Le nouveau chef de l’État nomma rapidement ses ministres ; un gouvernement composé principalement de civils, dont Germain M’ba, nommé ministre de l’Intérieur.
Jean-Hilaire Aubame a contacté l’ambassadeur de France au Gabon pour garantir la protection des ressortissants français et de leurs biens. À Paris, le général de Gaulle et Jacques Foccart, informés du coup d’État, étaient furieux. En effet, Léon Mba était un homme de paille qu’ils avaient placé à la tête du Gabon pour exploiter les richesses de ce pays aux importantes réserves pétrolières. Le Gabon est un pays stratégique pour la France, qui souhaite contrôler ses dirigeants. « Les autorités françaises ont donc décidé d’intervenir militairement pour rétablir Léon Mba à son poste de président de la République. Dans la nuit du 18 au 19 février, des troupes françaises venues de Dakar et de Brazzaville ont débarqué à Libreville et ont réinstallé Léon Mba à la tête du Gabon ».
Germain M’Ba, nommé ministre de l’Intérieur par le gouvernement éphémère de Jean-Hilaire Aubame, entra dans la clandestinité et fonda le Mouvement national révolutionnaire gabonais (MNRG) à Alger en mai 1964. Il adopta le pseudonyme d’Omar Ben Ali. Il décida ensuite de se rendre en Afrique subsaharienne pour se rapprocher du Gabon. On le retrouva successivement au Ghana, au Kongo-Brazzaville et au Kongo-Kinshasa. Il s’installa à Paris en 1965, où il fut nommé rédacteur en chef adjoint du magazine Jeune Afrique. Pendant ce temps, il poursuivait ses activités politiques. Omar Bongo devint président de la République gabonaise le 28 novembre 1967, suite au décès de Léon Mba. Soucieux de contrôler tous ses rivaux, Omar Bongo décida de les faire revenir au Gabon. En septembre 1968, Germain M’Ba fut nommé conseiller économique et commercial du nouveau président, Albert-Bernard Bongo. Par la suite, à partir de 1969, il occupa les fonctions d’ambassadeur du Gabon en Allemagne, puis au Japon. Malgré ce rapprochement avec le gouvernement, il ne cachait pas ses ambitions pour un Gabon démocratique.
Omar Bongo se méfiait de ce jeune intellectuel au vaste réseau de contacts; il le considérait comme un ennemi potentiel et décida de l’éliminer. Omar Bongo confia cette mission au mercenaire français Bob Denard. Le 17 septembre 1971, alors qu’il se trouvait à Libreville, Germain M’Ba fut assassiné en pleine rue par deux mercenaires blancs qui l’abattirent d’un coup de pistolet et emportèrent son corps. Son corps n’a jamais été retrouvé. Il fut assassiné sous les yeux de sa femme et de sa fille, qui furent grièvement blessées.
