Les compagnies pétrolières décident de traiter directement avec le Biafra, le 30 mai 1967, Ojukwu proclame l’indépendance de la région, qui prend le nom de République du Biafra, avec Enugu comme capitale. « Le Biafra est immédiatement reconnu par (la Tanzanie, la Zambie, Haïti, le Royaume-Uni, le Gabon et la Côte d’Ivoire); les présidents Houphouët et Bongo soutiennent les opérations biafraises coordonnées par l’ambassadeur de France au Gabon, Maurice Delauney, avec Jean Mauricheau-Beaupré comme adjoint, basé à Abidjan ».
La France, qui préfère attendre l’évolution des opérations de reconnaissance du Biafra, finance l’opération et fournit des armes via la Côte d’Ivoire et le Gabon, dont les mercenaires de Bob Denard et les parachutistes du 1er REP. À la disposition de l’armée biafranaise d’Ojukwu qui compte alors environ 100 000 hommes. En juillet 1967, les forces biafraises attaquent et prennent le contrôle des deux tiers des réserves pétrolières du Nigeria.
Depuis quelques semaines, le Biafra semblait avoir le contrôle et envisageait d’avancer vers Lagos. C’est par malentendu que le général Yakubu Gowon a mis en place un quartier général tactique composé de (Murtala Mohammed, Benjamin Adekunle, Olusegun Obasanjo, Mohammed Shuwa, Musa Yaradua, Theophilus Danjuna, Ibrahim Haruna, Ipoola Alani, Ted Hamman, Muhammadu Buhari, Ibrahim Babangida, Isaac Boro et Idriss Esclave).
Yukubu Gowon mobilise 120 000 soldats de l’armée nigériane, composée de combattants venus de Zaria, Kano, Maiduguri, Sokoto, Jos, Ibadan et Kaduna, et lance des contre-offensives. Les soldats biafrais et les mercenaires de Bob Denard ne résistent pas à la puissance de feu de la NAF. Les villes d’Ogoja, Nsukka et Bonny Island tombent le 30 mai 1967. Entre-temps, Yakubu Gowon reçoit un soutien important de l’Égypte qui lui envoie des avions de chasse Mig.17 et des bombardiers Il-28. Le 28 septembre 1967, les commandos de l’armée nigériane de Theophilus Danjuna mettent en déroute les parachutistes de la 1ère REP. Française et s’emparent de la ville d’Enugu, capitale du Biafra. Voyant l’équilibre des forces, la Grande-Bretagne abandonne le Biafra et apporte son soutien à Yakubu Gowon.
Yakubu Gowon, également soutenu par Moscou, ordonne à Murtala, Adekunle, Shuwa, Isaac et Idriss Garba de lancer des offensives sur la ville pétrolière stratégique de Port Harcourt, qui tombe finalement le 24 mai 1968. Malgré les renforts de légionnaires français venus de Guyane, du Gabon et de Côte d’Ivoire, les bataillons Yaradua, Ipoola et Ted détruisent le 22 avril le quartier général d’Ojukwu dans la ville d’Umuahia. 1969. Les commandos d’Obasanjo et de Buhari prennent le contrôle d’Owerri le 9 janvier 1970. Depuis Enugu, Murtala Mohammed appelle Yakubu Gowon et lui dit : (Monsieur le Président, c’est fini, nous avons le contrôle total, Yakubu Gowon a gagné).
Son état-major s’empare de toutes les villes, de tous les aéroports, de tous les ports et de tous les secteurs pétroliers stratégiques. Vaincu, Emeka Ojukwu se réfugie en Côte d’Ivoire, le général de Gaulle est furieux. Les présidents Houphouët et Bongo accusent Jacques Foccart de les avoir impliqués dans une fausse affaire. La guerre du Biafra a fait deux millions de morts, près de cinq millions de déplacés et plus de trois millions de réfugiés, pour rien.
Aujourd’hui, le vieux général Yakubu Gowon vit une retraite paisible. Aujourd’hui, le Gabon est un partenaire important du Nigéria. Aujourd’hui, le Nigéria est le premier client de la Côte d’Ivoire. Aujourd’hui, le Nigéria est le premier partenaire commercial de la France en Afrique Noire. La guerre ne sert à rien.
