En 1959, il part ouvrir un bureau des impôts au Kasaï, il devient ensuite membre du Conseil de législation ; condamné en août 1959 pour incitation à la haine raciale lors du conflit Lulua-Baluba, il est envoyé en exil à Kole, pour être libéré plus tard ; la même année également, il est élu président du MNC-Kalonji. « En 1960, il participe à la table ronde belgo-congolaise à Bruxelles. Élu député national en juin, il est pressenti pour être ministre avant d’être limogé par Patrice Emery Lumumba ».
La même année en août, il devient président de l’État autonome du Sud-Kasaï proclamé Roi du Kasaï sous le nom de Sa Majesté Albert Ier en 1961, il dissout le gouvernement et opte pour le titre de Mulopwe du Royaume fédéré du Sud-Kasaï. En septembre 1962, Albert Kalonji est renversé par un coup d’État militaire (incité par son Premier ministre, Joseph Ngalula), il s’exile alors pendant 18 mois en Espagne. De retour au pays, il est membre du gouvernement de Moïse Tshombe entre 1964 et 1965, il quitte le gouvernement peu avant le coup d’État de Mobutu en novembre 1965.
En 1980, il rejoint le Parti-État de Mobutu, le MPR (Mouvement Révolutionnaire Populaire); en 2008, les Baluba du Kasaï lui rendent hommage pour son 80e anniversaire, Albert Kalonji décède le 20 avril 2015 à Mbuji-Mayi, à l’âge de 85 ans, il est enterré dans le village de Katende (Territoire de Miabi).
