La rencontre/réunion visait également à établir une position commune avant l’entrée de ces nouveaux États Africains aux Nations Unies fin décembre. C’est à partir de ce moment que les États Africains se sont divisés selon des lignes idéologiques opposées. Des tentatives de réconciliation ont conduit à la création de différents groupes (les groupes de Brazzaville, de Casablanca et de Monrovia). Les divisions apparues au début des années 1960 n’ont pas empêché les États indépendants de se réunir à Addis-Abeba, à l’exception de l’Afrique du Sud, et de signer, en mai 1963, la charte de l’Organisation de l’unité Africaine (OUA).
Cependant, cette nouvelle organisation était loin d’incarner l’unité des peuples Africains que Fanon et quelques autres avaient espérée. Derrière une unité de façade, il s’agissait plutôt d’une alliance entre des dirigeants qui, pour la plupart, gouvernaient leurs pays de manière autoritaire et cherchaient à défendre leur pouvoir. En réalité, entre 1960 et 1963, la dynamique révolutionnaire ne s’est imposée que dans les territoires encore à décoloniser, notamment les colonies portugaises et l’Afrique australe. Ailleurs, l’indépendance a souvent été proclamée, parfois contre leur gré, par des régimes opportunistes qui clamaient leur désir d’unité africaine de manière incantatoire, décidant de se rapprocher pour mieux paralyser l’objectif. Avec la création de l’OUA, tous, y compris les régimes hostiles à l’unité africaine, pouvaient se targuer d’être panafricanistes. Ainsi, les conditions dans lesquelles les États africains ont décidé de s’unir contenaient déjà les raisons pour lesquelles cette unité n’a pas été à la hauteur des attentes, notamment en matière de sécurité et de développement.
Réunies à Brazzaville en décembre 1960, douze anciennes colonies françaises (Congo-Brazzaville, Côte d’Ivoire, Sénégal, Mauritanie, Haute-Volta, Niger, Dahomey, Tchad, Gabon, République centrafricaine, Cameroun, Madagascar) reconnurent l’indépendance de la Mauritanie et proposèrent une médiation africaine dans les crises algérienne et congolaise. Surtout, elles signèrent l’acte fondateur de l’Union africaine et malgache (UAM), confirmant ainsi la réticence des pays francophones, considérés comme modérés, à rompre avec Paris et à rejoindre un bloc continental où ils seraient minoritaires. Réuni à nouveau à Dakar en février 1961, ce Groupe de Brazzaville jeta les bases d’une nouvelle Organisation commune africaine et malgache (OCAM), qui vit le jour quelques années plus tard, en 1965.
Près de Paris, le Groupe de Brazzaville fut le premier groupe fermé, dont les invitations n’étaient plus adressées à tous les États africains, mais seulement à ceux qui répondaient à certains critères idéologiques. Ce fut également le premier bloc politique à rompre avec l’objectif d’unité continentale. Conscients d’être minoritaires au sein du groupe africain à l’ONU, les pays africains progressistes réagirent. Le Maroc, déplorant le soutien du Groupe de Brazzaville à l’indépendance de la Mauritanie en raison du différend frontalier entre les deux pays, annonça une conférence à Casablanca, qui réunit le Ghana, la Guinée, le Mali, la RAU (Égypte et Syrie), ainsi que la Libye, le GPRA (Gouvernement provisoire de la République algérienne) et Ceylan en tant qu’observateurs, en janvier 1961. Unis sur la question algérienne et dans leur condamnation du colonialisme et de l’apartheid, les pays du Groupe de Casablanca étaient cependant divisés sur d’autres sujets.
Le Ghana, qui avait refusé de retirer ses troupes envoyées au Congo, accepta, afin d’éviter un isolement total, d’approuver la résolution de la RAU condamnant Israël, avec lequel il entretenait pourtant des relations étroites. Signée en mai 1961 par les ministres des Affaires étrangères, à l’exception de celui de la Libye, la charte instituait un comité politique regroupant les chefs d’État, un comité économique réunissant les ministres des Finances, un comité culturel composé des ministres de l’Éducation et un commandement suprême comprenant les états-majors des pays membres. L’interdiction de conclure des pactes militaires avec des puissances étrangères fut réaffirmée, mais contrairement aux souhaits de Nkrumah, la Charte de Casablanca ne mentionnait pas la cession de souveraineté en vue d’une union politique. Bamako fut désignée comme capitale du groupe, qui restait ouvert à d’autres pays. Constatant l’influence des gouvernements pro-Casablanca en Afrique de l’Ouest, Senghor, élu président du Sénégal en septembre 1960, contacta Sylvanus Olympio du Togo, William Tubman du Libéria et Abubakar Balewa du Nigeria pour organiser une conférence à Monrovia le 8 mai 1961.
La Côte d’Ivoire et le Kameroun ont rejoint l’initiative. La Guinée et le Mali ont cependant refusé d’y participer, sous la pression du Ghana, tout comme le Soudan, en raison de la présence de la Mauritanie. Les deux gouvernements en guerre pour le contrôle du Kongo n’ont pas été invités. La Conférence de Monrovia est ainsi apparue comme un élargissement du groupe de Brazzaville, qui bénéficiait du soutien de huit pays : (Libéria, Nigéria, Sierra Leone, Somalie, Togo, Éthiopie, Libye et Tunisie). Dans le cadre d’une approche réformiste et individualiste de l’indépendance, le groupe de Monrovia, alors le plus grand rassemblement d’États africains jamais organisé, prônait la non-ingérence dans les affaires intérieures et le maintien des frontières héritées de la période coloniale. Estimant que le modèle d’État-nation européen est adapté aux réalités Africaines, il rejetait l’idée d’une union fédérale. Le groupe de Casablanca, en revanche, et notamment la faction ghanéenne, considérait que les frontières coloniales devaient être dépassées et le nationalisme étendu à l’échelle continentale. Cependant, malgré ces points de vue apparemment opposés, les deux groupes se sont influencés mutuellement, et au sein de chacun, les sociétés civiles des pays respectifs étaient traversées par des courants progressistes, radicaux, conservateurs et révolutionnaires. Certains de ces courants en tempéraient d’autres, étant donné que les forces (conservatrices) étaient numériquement supérieures aux forces progressistes.
Selon la terminologie de l’universitaire Michel Kounou, des divergences sont apparues au sein de chaque groupe entre un courant unitaire objectif, principalement incarné par le mouvement radical de Nkrumah; un courant intermédiaire axé sur les étapes régionales, correspondant au mouvement gradualiste représenté par des personnalités à la fois proches et éloignées, comme Senghor et Nyerere; et un courant défaitiste, collaborationniste et capitulard. « Autour de l’axe Monrovia-Abidjan-Lagos-Antananarivo, les groupes de Casablanca et de Monrovia ont néanmoins pu s’accorder sur un certain nombre de slogans consensuels : (Non au colonialisme et à l’apartheid et Oui à la paix et à l’unité). La question demeure de savoir quelle définition donner à ces termes ».
