En 1986, son mari, Samora Machel, perdit la vie dans un accident d’avion dont les circonstances n’ont jamais été élucidées. Profondément attristée par la mort de son époux, Graça Machel reçut une lettre de condoléances que Nelson Mandela lui avait envoyée depuis sa prison de Robben Island. La réponse de Graça fut la suivante : « De votre vaste prison, vous m’avez envoyé un rayon de soleil dans mes heures les plus sombres ».
À sa sortie de prison en 1990, Mandela ne parvint pas à renouer avec son épouse, la flamboyante Winnie; le couple se sépara en 1992 et divorça officiellement en 1996. C’est après ce divorce que la relation entre Graça et Nelson commença véritablement. Les deux amoureux se marièrent le 18 juillet 1998, jour du 80e anniversaire de Madiba. Graça Machel a toujours été une source de réconfort et de soutien pour ses différents époux, Machel puis Mandela. Elle les a toujours accompagnés dans leurs divers projets, dans les bons comme dans les mauvais moments.
Les Sud-Africains ont une immense dette envers Graça Machel. Non seulement elle a apporté de la joie à Madiba, mais elle a également fait de son mieux pour maintenir l’unité de la famille Mandela, a déclaré le lauréat du prix Nobel de la paix, Desmond Tutu, dans les colonnes de City Press. « Graça Machel est restée au chevet de Nelson Mandela jusqu’à son dernier souffle ».
À la mort de Nelson Mandela, Graça Machel a officiellement renoncé à la moitié de la succession de l’ancien président, estimée à un peu plus de trois millions d’euros. Conformément à la loi Sud-Africaine, Graça Machel aurait pu prétendre à la moitié de cet héritage, car elle était mariée sous le régime de la communauté de biens, mais pour préserver l’unité familiale, elle a renoncé à sa part de l’héritage.
