NDiaye a passé son enfance à Bourg-la-Reine, en banlieue parisienne. Son père a quitté la France pour l’Afrique alors qu’elle n’avait qu’un an. Elle ne l’a vu que trois fois, la dernière fois il y a environ vingt-cinq ans.
NDiaye a commencé à écrire vers l’âge de douze à treize ans. Elève de terminale au lycée Lakanal de Sceaux à l’âge de dix-sept ans, elle est repérée par Jérôme Lindon, directeur des Éditions de Minuit, qui publie son premier ouvrage, Quant au riche futur. La publication de cet ouvrage la conduit également à rencontrer celui qui deviendra son mari, le futur écrivain Jean-Yves Cendrey, qui lui envoie une lettre de lecteur à laquelle elle répond.
Ses premiers travaux lui permettent également d’obtenir une bourse pour étudier un an à la Villa Médicis à Rome. À vingt-deux ans, elle retrouve son père au Sénégal, lors de son premier voyage en Afrique.