La réputation du docteur Vitalien parvint aux oreilles du Négus lui-même, Ménélik II, qui le convoqua et déclara : « Je suis le roi, le bon docteur est à mon service » Ainsi, pendant dix ans, il devint le médecin de l’empereur d’Éthiopie. Il est important de comprendre le contexte de la bataille d’Adoua en 1896, où l’armée coloniale italienne subit une lourde défaite face à l’armée éthiopienne. Après la défaite britannique face à Shaka Zulu, il s’agissait de la plus grande défaite européenne de l’époque. « Cette victoire fut ratifiée par le traité d’Addis-Abeba en octobre 1896 et fit de l’Éthiopie la seule nation Noire/Africaine à ne pas être colonisée ».
Ménélik II entreprit alors un vaste projet de modernisation du pays à tous les niveaux, y compris celui de la santé. Il encouragea le docteur Vitalien à prendre la direction du ministère de la Santé pour l’assister dans cette entreprise, mais le contexte diplomatique de l’époque (Vitalien était français) le poussa à préférer rester en retrait, comme conseiller, jusqu’en 1910, « Pour aider mes frères Noirs/Africains », déclara-t-il. À son retour à Paris, conscient de l’amertume des Italiens, il publia un ouvrage (Pour l’indépendance de l’Éthiopie) dans lequel il affirmait que l’Éthiopie méritait son indépendance, défendue pendant des siècles par un peuple courageux, et que toute tentative de vengeance serait vaine. Il tenta de s’installer en Guadeloupe et se présenta sans succès aux élections sénatoriales de 1912 et aux élections législatives de 1919.
Durant la Première Guerre mondiale (1914-1918), il fut directeur de la Maison Coloniale, créée à Paris pour les soldats coloniaux par le Comité d’aide et d’assistance aux colonies. En 1922, il publia un recueil de conférences sur la question Noire/Africaine en France dans la revue Études sociales et politiques. Il fut également le fondateur de l’hôpital Peltier à Djibouti.
