Fils d’un policier et d’une chanteuse d’opéra, il fut encouragé par sa mère à entreprendre des études de médecine. Interne à l’hôpital H.F. Verwoerd de Pretoria, il découvrit son intérêt pour les agents pathogènes mortels. Mobilisé par les Forces de défense Sud-Africaines, il étudia la physiologie et la chimie physiologique en tant que médecin militaire. Des fonds importants furent alloués à l’équipe de Basson qui, outre des assassinats et des empoisonnements ciblés, travaillait au développement de maladies affectant sélectivement les populations Noires/Africaines, afin de les rendre stériles, et à la mise au point de poisons ou de drogues les ciblant spécifiquement (par exemple, la méthqualone, le Mandrax, l’ecstasy, Etc.).
En 1995, le gouvernement de Nelson Mandela l’engage pour travailler sur le projet « Transnet », une entreprise de transport et d’infrastructures. Il se voit à nouveau confier des missions secrètes. Il est ensuite réintégré comme chirurgien au sein de l’unité médicale des forces armées. En 1996, la Commission Vérité et Réconciliation ouvre une enquête sur les activités biologiques et chimiques des unités de sécurité et découvre, entre autres, que le laboratoire dirigé par Wouter Basson conserve des flacons de sang contaminés par le virus du sida. Des participants au « Projet Coast » témoignent que des vétérans infectés sont envoyés dans des bordels des quartiers populaires de Johannesburg pour contaminer les prostituées, qui à leur tour contaminent leurs clients Noirs/Africains. L’idée que la pandémie de sida ou d’autres maladies dévastatrices (comme Ebola) aient été développées dans des laboratoires racistes pour décimer la population Noire/Africaine est généralement rejetée, au mieux comme une théorie du complot, au pire comme une lubie de fous. Basson aurait entretenu des liens avec ses homologues des services de renseignement Blancs/Occidentaux.
Le procès intenté à Basson, qui a débuté en octobre 1999, s’est soldé par un acquittement et une amnistie, malgré 46 chefs d’accusation et 153 témoins à charge. Bien que reconnu coupable de violations déontologiques par l’Association médicale Sud-Africaine (fin 2013 seulement), aucune sanction professionnelle n’a été prononcée à son encontre. En septembre 2005, la Cour constitutionnelle a statué que le Dr Basson pouvait être rejugé pour crimes contre l’humanité. Cependant, aucune procédure judiciaire n’a été engagée à cet effet. En décembre 2013, l’Association médicale Sud-Africaine l’a reconnu coupable de violation de la déontologie médicale. La sanction du Dr Basson, initialement prévue pour février 2014, a été reportée sine die, car il risque d’être radié à vie de l’Ordre des médecins.
Le 27 mars 2019, six ans après la condamnation de Basson pour manquement à la déontologie par un comité du Conseil des professions de santé d’Afrique du Sud (HPCSA), la Haute Cour du Gauteng a statué que les membres du comité ayant présidé l’audience disciplinaire avaient fait preuve de partialité. Le juge a estimé que la procédure (engagée par le HPCSA contre Basson) était irrégulière et inéquitable, et qu’elle témoignait d’un mépris total des droits de Basson. L’audience et, par conséquent, la conclusion du comité quant au manquement à la déontologie ont donc été annulées.
