Malgré les désaccords qui surgissent entre les deux hommes, qui s’opposent notamment sur les orientations politiques et économiques à donner au congrès, Du Bois sait qu’il a besoin de Diagne, qui a l’oreille du président du Conseil français, Georges. Clémenceau.
Multipliant ses contacts, il obtient le soutien de la Society for the Protection of Aborigines in England, de l’American Peace Society, de l’Office international pour la protection des aborigènes, de l’Institut géographique international de Bruxelles, de la Ligue des droits de l’homme à Paris. « Madame Calmann-Lévy, veuve du célèbre éditeur, lui prête son salon pour des rencontres et des entretiens. Il a également rencontré Edmund F. Fredericks, un militant de la colonie de Guyane britannique, venu spécialement de Londres pour représenter une association d’Africains et d’Antillais, l’African Progress Union (APU) ».
Fort de ces multiples soutiens, Du Bois annonce que le congrès se tiendra les 12 et 13 février 1919, date commémorative de la naissance du président Abraham Lincoln. Mais les services Franco-Américains, qui craignent la présence d’individus contestataires et craignent que le rassemblement ne soit l’occasion de discours incendiaires, sont en alerte. Clemenceau demande à Diagne si le but du congrès est de donner libre cours aux frustrations des troupes Noires/Africaines.
Malgré la réponse rassurante de Diagne, le président du Conseil laisse entendre qu’il n’a pas donné son autorisation pour la tenue du congrès et qu’il fait simplement preuve de tolérance. Le vice-secrétaire d’État américain Frank L. Polk a pour sa part précisé que la Maison Blanche désapprouvait ce congrès. Face à l’hostilité des autorités officielles et ne disposant que d’un budget dérisoire (750 livres). Du Bois pourra se féliciter lorsque le congrès s’ouvrira enfin le 19 février, pour deux jours, en présence d’une cinquantaine de délégués, dans une salle du Grand Hôtel boulevard des Capucines (le secrétariat est situé à l’Hôtel de Malte, rue Richelieu).
Diagne a été élu président du congrès et Du Bois en a assuré le secrétariat. Venus des États-Unis, d’une demi-douzaine de pays des Caraïbes et de neuf pays Noirs/Africains, les délégués demandent aux puissances coloniales un engagement juridique et législatif pour faire respecter les droits des populations Noires/Africaines en termes d’accès et de contrôle des terres, l’abolition du travail forcé et du droit à l’éducation. La Société des Nations (SDN) est appelée à vérifier la bonne exécution des engagements. Le congrès appelle à la mise en place de politiques sociales et d’un programme d’émancipation afin que les Noirs/Africains soient formés à la gestion de l’État moderne.
Cependant, les résolutions adoptées lors de ce congrès ne sont prises au sérieux par aucun dirigeant occidental. D’autre part, la presse ouest-africaine a noté que, pour la première fois, des délégués de plusieurs territoires africains différents se sont réunis pour discuter de solutions à des problèmes communs. Le plus difficile commence dès la fin du congrès : donner de la visibilité, de l’audience et de la profondeur aux résolutions pour motiver la tenue d’un futur congrès. Du Bois tenta en vain de rencontrer Clemenceau et Wilson. « En revanche, il a réussi à se faire entendre auprès du Premier ministre britannique Lloyd George, qui lui a fait part de sa (réfléchie considération). La deuxième tâche, constituer un secrétariat permanent pour préparer la prochaine réunion, prévue à Paris en 1921, fut accomplie le 12 mars, lors d’une rencontre entre Londres et Paris sur la question foncière, l’éducation, le droit au travail, le partage du capital, et la fin de la discrimination ».
Du Bois annonce la formation d’une nouvelle association panafricaine avec un trimestriel international (Black Review), distribué en (français, anglais, espagnol et portugais). Le 29 avril 1919, il présenta ses résolutions à la Bethel Literary Society à Washington. L’une des personnes présentes ce soir-là était Mlle Nannie H. Burroughs, présidente de l’École nationale de formation des femmes. Future membre du conseil d’administration de la NAACP, elle a été frappée par l’égoïsme de Du Bois. Deux ans plus tard, en réponse à une lettre de l’écrivain James Weldon Johnson réclamant un financement pour le congrès de 1921, elle exprima son scepticisme.
Du Bois n’était pas, selon elle, l’homme idéal pour diriger les masses. (Source : Amzat Boukari, Africa Unite : Une histoire du panafricanisme).