La capture et l’exécution en 1957 ont conduit à la défaite finale du soulèvement par le gouvernement colonial britannique (Kimathi est né dans la division Tetu du village de Thege, district de Nyeri). Son père était polygame et avait 3 femmes, mais est décédé avant la naissance de Marathi. Kimathi a été élevée par sa mère, Waibuthi. Il avait 2 frères, Wambararia et Wagura, et 2 sœurs. À l’âge de quinze ans, il entre à l’école primaire locale, Karuna-ini, où il perfectionne ses compétences en anglais. Il utilisera plus tard ces compétences linguistiques pour écrire abondamment avant et pendant le soulèvement des Mau Mau.
En 1940, Kimathi s’enrôle dans l’armée britannique. Cependant, il a été licencié au bout d’un mois pour ivresse et violences persistantes contre d’autres recrues. Vers 1947 ou 1948, alors qu’il travaillait à Ol Kalou, Kimathi entra en contact étroit avec des membres de l’Union Africaine du Kenya (KAU). En 1950, il devient secrétaire de la branche KAU d’Ol Kalou, contrôlée par des militants Mau Mau.
Les Mau Mau ont commencé comme l’Armée de la Terre et de la Liberté, une armée de militants Kikuyu cherchant à récupérer leurs terres, que les colons britanniques leur avaient progressivement dépouillées. Au fur et à mesure que l’influence et le nombre de membres du groupe augmentaient, il devint une menace majeure pour les colonialistes. Après avoir prêté le serment Mau Mau, Kimathi rejoint en 1951 le Groupe des Quarante, l’aile militante de la défunte Association centrale Kikuyu. Il a formé le Conseil de défense du Kenya pour coordonner tous les combattants forestiers en 1953.
En 1956, le 21 octobre, exactement quatre ans jour pour jour après le début du soulèvement, un groupe dirigé par Ian Henderson arrêta Kimathi dans la forêt de Nyeri. « Kimathi est considéré comme un héros national par le peuple Kenyan, et le gouvernement a érigé une statue en bronze du (combattant de la liberté Dedan Kimathi) sur un piédestal en graphite dans le centre de Nairobi ».