Son rapport est le seul document connu sur la traite négrière écrit par un ancien esclave brésilien. Baquaqua est né à Djougou, aujourd’hui Bénin, entre 1820 et 1830 dans une importante famille de marchands musulmans. Baquaqua a appris le Coran, la littérature et les mathématiques dans une école islamique. Adolescent, il a participé avec son frère aux guerres de succession à Daboya, où il a été capturé puis secouru.
De retour à Djougou, il devient le serviteur d’un dignitaire local, peut-être le chef de Soubroukou. Les atrocités qu’il commet à cette époque font de lui la cible d’une embuscade au cours de laquelle il est emprisonné et transporté au Dahomey, il est embarqué sur un navire négrier en 1845 et emmené à Pernambuco au Brésil, il est esclave à Olinda dans le Pernambuco pendant environ deux ans. « Son maître était boulanger, il travaillait à la construction de maisons, transportait des pierres, apprenait le portugais ».
La cruauté de ses maîtres brésiliens le poussa à l’alcoolisme et à une tentative de suicide. Emmené à Rio de Janeiro, Baquaqua fut enrôlé dans l’équipage du navire marchand Lembrança, qui transportait des marchandises vers les provinces du sud du Brésil. En 1847, une cargaison de café à destination des États-Unis lui servit de passeport vers la liberté. Le navire arriva dans le port de New York en juin, où il fut approché par des abolitionnistes locaux, qui l’encourageèrent à s’échapper du navire. « Après son évasion, il fut cependant emprisonné dans la prison locale et seule l’aide des abolitionnistes (qui facilitèrent son évasion de prison) empêcha son retour sur le navire. Il fut ensuite envoyé en Haïti, où il vécut avec le révérend W. L. Judd, un missionnaire baptiste ».
Converti au christianisme et baptisé en 1848, Baquaqua retourna aux États-Unis en raison de l’instabilité politique en Haïti. Il étudia au New York Central College dans le nord de l’État de New York pendant près de trois ans. « En 1854, il s’installa au Canada, son autobiographie étant publiée cette année-là à Détroit par Samuel Downing Moore. On ne sait pas ce qui arriva à Baquaqua après 1857. Il se trouvait alors en Angleterre et s’était tourné vers l’American Baptist Free Mission Society pour une mission missionnaire en Afrique ».